O Coronel Piloto-Aviador João Filipe Bernardo Pereira nasceu em Lisboa no dia 19 de março de 1968.
Ingressou na Academia da Força Aérea em 1986, tendo efetuado o Curso de Pilotagem nos Estados Unidos da América – Undergraduate Pilot Training, em Columbus, Mississippi, nas aeronaves Cessna T-41, T-37 “Tweet” e T-38 “Talon”, entre setembro de 1990 e janeiro de 1992.
Regressado dos Estados Unidos frequentou o Curso Complementar de Pilotagem de Aviões de Combate na Base Aérea No11 (BA11), em Beja, na aeronave T-38, após a qual teve a primeira colocação como Piloto-Aviador em maio de 1992, na Base Aérea No5 (BA5), Monte Real, onde obteve a qualificação de piloto operacional na aeronave A-7P “Corsair”, na Esquadra 302 “Falcões”. Regressou novamente à BA11 em maio de 1993, onde voou como Piloto Instrutor na aeronave TB-30 “Epsilon” até maio de 1995, quando regressou novamente à BA5 para ingressar desta vez na Esquadra 201 “Falcões”, já a voar F-16OCU.
Como piloto operacional de F-16OCU “Fighting Falcon” alcançou todas as qualificações em voo até Comandante de Esquadra em Voo e Piloto Instrutor, tendo desempenhado as mais diversas funções na Esquadra 201 e de onde se destacam as participações na Operação Allied Force (1999) e no exercício Red Flag, nos Estados Unidas da América (2000).
Em janeiro de 2002 foi nomeado para o cargo de Pilot Exchange na Bélgica onde esteve colocado durante dois anos na Esquadra 349 “Maces”, na Base Aérea de Kleine-Broggel, a voar F-16MLU, tendo participado nas mais diversas missões e exercícios, de onde se destacam a participação numa avaliação táctical (TACEVAL) em 2003, e a participação na primeira missão da NATO nos países bálticos em abril de 2004 – Baltic Air Policing, em Siauliai, Lituânia. Imediatamente após esta missão, frequentou a curso Fighter Weapons Instructor Training (FWIT), em Leuwarden, Holanda e Orland, Noruega, tendo esta sido a 1a de várias participações da Força Aérea neste curso que se mantêm como o referencial para a evolução tática das esquadras de F-16.
Regressado a Monte Real, foi colocado no Núcleo F-16MLU, para ajudar na preparação da futura esquadra, que viria a herdar as tradições e o simbolismo da Esquadra 301 “Jaguares”. Nesta esquadra exerceu as funções de Oficial de Operações e Comandante da Esquadra até setembro de 2008, quando assumiu o Comando do Grupo Operacional 51. No GO51 teve a oportunidade de celebrar os 50 anos desta Unidade, onde teve o privilégio de liderar 22 aeronaves F-16 (a 26 de julho de 2009), e um ano mais tarde, a formação de 24 F-16’s (a 2a “bandeira branca” a 23 de maio de 2010).
Em setembro de 2010 foi colocado na Divisão de Operações do Estado-Maior da Força Aérea, onde exerceu as funções de Chefe da Repartição de Operações até maio de 2012, quando foi colocado na NATO Airborne Early Warning Component, Geilenkirchen, Alemanha, onde exerceu durante três anos as funções como Senior National Representative (SNR), Chefe da Divisão de Operações de Simuladores e Piloto adido à Esquadra 3 “Eagles”, tendo-se qualificado na aeronave E-3A (AWACS) como Piloto Comandante e participado na Operação “International Security Assistance Force” (ISAF) por duas ocasiões.
Desde o seu regresso da Alemanha, em setembro de 2015, até à presente colocação, exerceu as funções de Chefe da Divisão de Operações do Estado-Maior da Força Aérea.
Em outubro de 2017 assumiu o Comando da Base Aérea No 5, em Monte Real.
O Coronel Piloto-Aviador João Pereira acumula cerca de 4000 horas de voo, das quais 2500 em aviões de combate, tem diversas condecorações, é casado e tem três filhos.